Một trong những đặc điểm của ngành sản xuất ca cao đó là hạt ca cao sau khi thu hoạch phải được lên men. Quá trình lên men, làm khô có ảnh hưởng nhiều nhất tới chất lượng của ca cao. Trên thế giới, chênh lệch về giá giữa ca cao lên men và không lên men dao động từ 200 đến 600 USD/tấn.

Sản xuất ca cao ở Việt Nam chủ yếu ở quy mô nông hộ nhỏ. Nếu như mỗi nông dân tự lên men thì sẽ không hiệu quả do các vật dụng để lên men chắc chắn sẽ không được sử dụng hết công suất. Thêm vào đó, chất lượng hạt ca cao do nông dân tự lên men sẽ không đồng đều ổn định. Đây là điều tối kỵ trong sản xuất sô cô la. Tất cả các nhà sản xuất sô cô la đều mong muốn mua được hàng từ những nguồn có chất lượng ổn định, ổn định ngay cả trong trường hợp là hàng chất lượng kém.

Nhằm nâng cao chất lượng hạt ca cao sản xuất tại Việt Nam và tạo ra một lượng ca cao hàng hóa lớn có chất lượng tốt, đồng đều và ổn định – tháng 10/2011, CNX đã thành lập Trung tâm Kỹ thuật sau thu hoạch Ca cao (PHC). PCH bao gồm một cơ sở lên men quy mô lớn, hiện đại và một phòng thí nghiệm để đánh giá các tiêu chuẩn chất lượng hạt sau khi lên men. PHC đang tiến hành các thí nghiệm về lên men ca cao trong điều kiện của Tây Nguyên. Mục tiêu của các thí nghiệm này là tìm ra những quy trình lên men khác nhau trong những điều kiện khác nhau để sản xuất ra được hạt lên men có chất lượng đồng đều, theo mong muốn của khách hàng.

Các cơ sở lên men tham gia vào chương trình Nâng cao Chất lượng Ca cao của CNX sẽ được PHC đào tạo để có thể áp dụng được các quy trình lên men chuẩn của CNX. ngoài việc đào tạo, hỗ trợ các cơ sở lên men áp dụng thành công quy trình lên men tại cơ sở của mình, PHC còn thường xuyên lấy mẫu tại các cơ sở này để phân tích và so sánh với mẫu chuẩn nhằm tìm ra các nguyên nhân dẫn đến việc hạt ca cao lên men của cơ sở chưa đạt tiêu chuẩn. Đội ngũ nhân viên của PHC sẽ hỗ trợ các cơ sở này cải tiến, điều chỉnh quy trình lên men để họ đạt được tiêu chuẩn đề ra. Khi các cơ sở này đạt được tiêu chuẩn hạt lên men theo yêu cầu của công ty, công ty sẽ cấp chứng nhận và bao tiêu sản phẩm với giá cao hơn mặt bằng thị trường. Việc lấy mẫu để kiểm tra sẽ được tiến hành thường xuyên nhằm đảm bảo tính nhất quán về chất lượng của các cơ sở lên men này.